Según el Fumador, debido a esto los Colonos insisten en que todos los miembros del Sindicato han de entregarles a sus familiares o no les cederán el feto, así que finalmente, Samantha es entregada el 27 de noviembre de 1973. Sin embargo, al principio, era el propio Mulder el que iba a ser entregado, pero Bill Mulder decide finalmente que la entregada sea Samantha, por lo que su esposa Teena, la madre de Mulder, se divorcia de él. Cassandra es devuelta o recuperada, y el Sindicato continúa experimentando con ella y la convence de que está siendo abducida repetidamente por extraterrestres benignos. En base a la afirmación del Fumador de que Samantha fue finalmente entregada porque los Colonos insistieron en ello, es de suponer que es, efectivamente, entregada a los Colonos y que, al igual que Cassandra, fue más tarde recuperada por el Sindicato y entregada al Fumador, que se la lleva a una base aérea de California, donde ella vivirá durante seis años con él y el hijo que este tuvo con Cassandra, Jeffrey Spender, hasta su misteriosa desaparición final el 23 de octubre de 1979.

En los ochenta, el Sindicato y los Colonos continuarán trabajando en la conspiración sin obstáculos, ya que nadie se preocupará de sus actividades hasta que Fox Mulder descubra los Expedientes X gracias a la información aportada por Arthur Dales, y junto a su entonces novia, Diana Fowley. El Sindicato empieza a fijarse en Mulder cuando este abre un Expediente X sobre la desaparición de su hermana, pero también ocurre lo contrario: cuando Mulder empieza a encontrar obstáculos en la investigación de la desaparición de Samantha, la existencia de poderes en la sombra empieza a preocuparle a él. Mulder comienza sus investigaciones en un momento delicado para el Sindicato: cuando ha capturado a un extraterrestre caído en West Virginia, al que ejecuta, y cuando por fin ha logrado manipular ADN extraterrestre gracias al trabajo del Dr. Terence Berube. Este ha logrado crear híbridos sometiendo a seis pacientes terminales de cáncer a una terapia genética. De estos solo sobrevive uno: el Dr. Secare.

Es entonces cuando el Sindicato influye para que el FBI empareje a Mulder con Scully para que esta “demuestre” que los Expedientes X no tienen base científica y desacredite a Mulder y cuando, poco después de esto, uno de los miembros del Sindicato, el hombre apodado Garganta Profunda, se convierte en el confidente secreto de Mulder, sea por ayudarle o por entorpecer su trabajo.

Otro hecho real de principios de los noventa, la Guerra del Golfo, tendrá una importante influencia en la cruzada de Mulder. El hijo del empleado del Departamento de Defensa Michael Kritschgau regresa enfermo de ella al haber estado expuesto a un arma biológica utilizada en la guerra. Por otro lado, en el episodio “Terma”, de la cuarta temporada, un terrorista ultraderechista afirma que según le dijo Alex Krycek, en la guerra se utilizó el Aceite Negro como arma, por lo que puede ser que sea este el arma biológica que provoca la enfermedad del hijo de Kritschgau, ya que, precisamente en este episodio y el anterior a él, “Tunguska” se presenta el Aceite Negro como una sustancia que provoca que quien se contagie con él entre en coma y su cuerpo se quede tan rígido que a pesar de estar en coma, el infectado se mantenga en pie.

La enfermedad de su hijo, que morirá finalmente en el segundo episodio de la quinta temporada, hace que Kritschgau se convierta en un ambiguo aliado de Mulder y lo convence de que la conspiración no es para ocultar la existencia de extraterrestres, sino para lo contrario: hacer creer a la gente en ellos para ocultar un proyecto de creación de armas biológicas, lo que provoca la crisis de conciencia más grave que tendrá Mulder.

Por otro lado, un coronel iluminado llamado Josepho da a entender en la novena temporada que la Guerra del Golfo marca la entrada de los Súper-Soldados en el ejército americano cuando afirma ser testigo de la brutal acción que lleva a cabo un pelotón de ellos contra el enemigo iraquí. Según esto, en esa fecha, los Colonos habrían empezado a jugar, no ya a dos, sino a tres bandas, convirtiendo el pacto de 1973 en mero papel mojado. O no: en base a las explicaciones de Shannon McMahon, puede que lo que ocurriera es que fuera el ejercito por su propia cuenta quien creara los primeros de estos Súper-Soldados y que después de exterminado el Sindicato los Colonos descubrieran su existencia y comenzarán a convertir a todo el mundo en este tipo de híbridos.

4.-De 1992 a 1999: La cruzada de Mulder y Scully y el exterminio del Sindicato.