Inesperadamente para el gobierno, el Dr. Berube tiene éxito y, usando terapia genética, inocula un virus extraterrestre (distinto del Aceite Negro) a unos pacientes terminales de cáncer, uno de los cuales, su amigo el Dr. Secare, es el único que sobrevive. En estos momentos de la evolución de la mitología, se supone que el gobierno no desea una hibridación de este tipo, sino, simplemente beneficiarse de los conocimientos tecnológicos y científicos de los extraterrestres. Y es que “El Matraz de Erlenmeyer” es un buen ejemplo de cómo Carter y su equipo fueron dando forma a la mitología sobre la marcha, pues en él se da entender que la conspiración se puso en marcha con un objetivo tan sencillo como ese, cuando Garganta Profunda explica que la existencia del Dr. Secare como hibrido es un gran problema para el gobierno porque a este lo único que le “interesaba era la tecnología, la ciencia. Que hubiera un hibrido por ahí suelto podía ser un grave problema. ¿Y si llegara a necesitar cuidados médicos? Ese hombre tiene una química sanguínea extraterrestre y es muy posible que sea toxica…”. Por ello, el gobierno envía a un sicario, un personaje al que se le conoce por el sobrenombre de “El Hombre Rapado”, a eliminar todo rastro del trabajo de Berube.

En este episodio, Mulder es secuestrado por el Hombre Rapado y Garganta Profunda le salva ayudando a Scully a hacerse con el feto extraterrestre que los Colonos entregaron al Sindicato en 1973 para intercambiarlo por Mulder. Garganta Profunda queda con los conspiradores (se supone que el Sindicato, aunque este no aparece hasta el primer episodio de la tercera temporada) en que será él quien haga el intercambio. Garganta Profunda así lo hace y, una vez entregado el feto, el Hombre Rapado lo mata.

Otra revelación importante que hace Garganta Profunda en este episodio, ya que desvela un aspecto de la conspiración que se verá más tarde en la serie, es que ya en 1987 se inoculó a un grupo de niños con ADN extraído del feto extraterrestre sin que sus padres lo supieran.

Recapitulando, al final de la primera temporada hay evidencia de los experimentos secretos genéticos y tecnológicos autorizados por el gobierno desde 1947 y que se producen abducciones a menudo, no necesariamente por parte de extraterrestres. También se demuestra que nadie es de fiar y que el Fumador es el enemigo más peligroso y que hay gente a sueldo del Sindicato dentro del FBI, donde el jefe Blevins y el subdirector Skinner, personaje introducido en “Tooms”, continuación de “Infiltrarse”, controlan a Mulder y Scully. La Primera Temporada termina, precisamente, con el primer cierre de los Expedientes X, ejecutado por Skinner, pero ordenado por los superiores de éste.

4.2.-Segunda Temporada.

La segunda temporada supone el “pistoletazo de salida” definitivo de la mitología, ya que es la temporada en la que Scully es abducida, tema en torno al cual gira en definitiva, como ya explique, la mitología desde la primera temporada a la sexta. Esta temporada es también crucial por ser la temporada en la que aparecen muchos personajes secundarios cruciales: el senador Matheson, el Sr. X, Alex Krycek, los padres de Mulder, el Cazarrecompensas, Albert Hosteen e incluso Melissa Scully y Duane Barry.

También es en la que se establece definitivamente la mitología, por ser en la que se revela que los Colonos pretenden invadir la Tierra creando clones híbridos de los abducidos con la ayuda del Gobierno (aún no aparece el Sindicato). Se ve, además, que la conspiración tiene una gran influencia en la vida de Mulder, al revelarse que su padre, Bill Mulder, es uno de los conspiradores y amigo del Fumador.

La Segunda Temporada comienza con un episodio mitológico que apenas aporta algo a la trama. Este es “Los Hombrecillos Verdes”, en el que, cerrados los Expedientes X, el Senador Matheson pone a Mulder tras la pista de un mensaje de posible origen extraterrestre captado por el radiotelescopio del National Astronomy and Ionosphere Center de Arecibo, en Puerto Rico, al principio del episodio. Lo poco que aporta es que Mulder ve por primera vez un extraterrestre y que revela que el Fumador controla la unidad de Boinas Azules encargados de clausurar el NAIC.

Aparte de los episodios mitológicos propiamente dichos, es decir, de los que tocan el tema de la conspiración para preparar la invasión, en la Segunda Temporada también hay otros tres episodios que también pueden considerarse mitológicos porque tratan de experimentos del gobierno que pueden tener o no tener utilidad en relación con la colonización. El primero de estos es “Sangre”, en el que alguien experimenta con una combinación de agentes químicos y mensajes subliminales reproducidos por aparatos electrónicos para despertar los impulsos asesinos de pacíficos ciudadanos. Los otros dos son “F. Emasculata”, en el que el Fumador está implicado en un experimento del gobierno consistente en provocar una epidemia entre los presos de una cárcel que puede que sirva como ensayo de la que pretenden desatar los extraterrestres, y “Luz Difusa”, en el que el gobierno encarga al Señor X capturar al Dr. Chester Banton, ya que este hizo un experimento que convirtió su sombra en un mortífero agujero negro, por lo que, quizá el gobierno quiera utilizarla como arma.

Hay además otro episodio que no es mitológico propiamente dicho, ya que no toca el tema de la invasión, pero que puede considerarse mitológico porque es otro precedente del tema de los Súper-Soldados. Se trata de “Insomnio”, que trata de un grupo de soldados que sirvieron en Vietnam con los que se experimentó para convertirlos en supersoldados perpetuamente insomnes.

Tras este episodio, y como ya señalé, arranca definitivamente la mitología con la abducción de Scully relatada en los episodios “Duane Barry”, “Ascensión” y “Un Suspiro”.

Todo empieza cuando, en el primero de estos tres episodios, un antiguo agente del FBI, Duane Barry, se fuga del psiquiátrico en el que está ingresado porque a raíz de ser herido en acto de servicio en la cabeza, se volvió muy violento y fantasioso, por lo que nadie le creía cuando decía que era abducido por extraterrestres. Cansado de que nadie le crea, se fuga tras secuestrar al psiquiatra que le trata para llevar a este al lugar donde él fue abducido por primera vez y entregarlo a los extraterrestres a cambio de que estos le dejen en paz a él. El caso es que no recuerda bien el lugar en que eso ocurrió, por lo que acude a una agencia de viajes para averiguarlo, donde secuestra a las personas que se encuentra dentro y se encierra con ellas en la agencia.

Es entonces cuando acuden a Mulder para que negocie con él. Mulder acude al lugar acompañado de Krycek. Durante la negociación una potente luz ciega a todos y se produce un apagón, por lo que Barry comienza a disparar y hiere a un rehén. Mulder y un enfermero acuden a asistir al rehén herido y Mulder intenta convencer a Barry de que lo libere. Barry accede a cambio de que el propio Mulder se quede, en lugar del herido.